Révélation du début de saison 1999-2000, les Bisontins sont considérés comme une valeur sûre de ce nouveau championnat. Privé de D2, depuis 1986, Besançon espère retrouver rapidement ce niveau. Petit à petit, le club se construit. Réaménagement du stade Léo Lagrange dont la capacité vient de passer à 7 000 places.
Le départ de la nouvelle saison s'est soldé par deux défaites consécutives. Il faut dire que les joueurs de la Franche-Comté avaient le désavantage de jouer à deux reprises à l'extérieur, Istres et La Roche-sur-Yon. Après une victoire devant Valenciennes, l'équipe de Sylvain Matrisciano s'est de nouveau inclinée à Dijon avant de partager sur son terrain les points avec Pau.
Le Racing, si sa date de naissance est en 1986, après le dépôt de bilan, Besançon possède un club depuis 1904 et accède au statut professionnel en 1945 en disputant le championnat de D2. Présent à ce niveau jusqu'à l'arrêt du professionnalisme en 1986 (41 saisons). Le fait d'arme de cette formation est la Coupe Drago en 1962 (cette coupe mettait aux prises, les clubs éliminés prématurément de la Coupe de France). En 1951, Besançon échoue de fort peu à l'accession dans l'élite, battu en barrage, tout comme en 77-78.

BESANÇON 77-78, barragiste pour l'accession en D1

Le Red Star, retrouvera sur son chemin, Cédric Lestic (voir photo), meilleur buteur bisontin avec deux buts et découvrira le frère de Cyril Domoraud, Jean-Jacques qui vient du centre de formation de Sochaux.